大致上，大多數學者認為肝癌是先有一個或數個起因（如Ｂ型肝炎或Ｃ型肝炎），經過進展的程序（如肝細胞壞死），而進入肝硬化及細胞癌化的階段，最後形成臨床上可檢查出之肝癌。
Ｂ型、Ｃ型肝炎為主因
Ｂ型肝炎及Ｃ型肝炎是引起肝癌主要的原因。在台灣，每年約有五千人死於肝癌，其中約有百分之八十是Ｂ型肝炎引起的，其餘約百分之十～二十是Ｃ型肝炎所引起的。感染Ｂ型肝炎或Ｃ型肝炎之後，有一部份人變成慢性肝炎，慢性肝炎再演變為肝硬化，最後再形成肝癌，這就是所謂「肝病三部曲：肝炎、肝硬化、肝癌。」
肝硬化易生肝癌
不論是任何原因引起的肝硬化，均有可能發生肝癌。在台灣，不管是Ｂ型肝炎或Ｃ型肝炎引起的肝硬化，每年約有百分之五的病人發生肝癌。
生活中的致癌因子
各種化學或天然致癌物也和肝癌的發生有關。例如：醫學研究已經證實了黃麴毒素會增加Ｂ型肝炎患者罹患肝癌的機會。而酗酒導致酒精性肝炎、肝硬化，間接增加了致癌的危險，也像抽菸導致肺癌一樣值得注意。
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